Markmið Fjár- og hjarðhundadeildar er að halda utan um þau hundakyn sem tilheyra deildinni. 

Deildin skipuleggur deildarsýningar, fræðslur um heilsufar tegunda, skapgerðarmat ásamt smalaeðlisprófi sem sýnir hvort hundur ber það eðli í sér sem hann er upphaflega ræktaður fyrir